El año 2012 la Contraloría General de la República realizó una auditoría para revisar los fondos SEP entregados entre Enero del 2010 y Junio del 2011. En dicho informe se entregó un listado con las 20 municipalidades con más saldos faltantes en el país.

La ley de Subvención Escolar Preferencial (SEP) fue creada con el fin de entregar un apoyo especial a los estudiantes con mayor «vulnerabilidad» y así reforzar su proceso educativo. El problema es que los fondos han sidos entregados con una baja fiscalización, que ha significado que muchos de estos sean utilizados en otros ítemes o simplemente no han sido rendidas.

En el listado Contraloría especificó a los 20 municipios con mayor cantidad de fondos no rendidos durante los periodos estudiados. Cabe destacar que es el único informe sobre fondos SEP existente que haya realizado el Estado, y que según la Superintendecia de Educación, ellos se encuentran desarrollando uno nuevo, que revisará lo sucedido con los dineros entre el año 2012 y 2014.